达伦·格里芬教授和贝奇·奥康纳博士与伦敦皇家兽医学院的丹尼斯·拉金博士合作，最近获得了为期3年的BBSRC资助，用于一项题为“快速重建参考染色体水平的哺乳动物基因组组装和深入了解总基因组重排列机制”的研究。
我们生活在一个新物种的基因组一直在被测序的时代。最现代的DNA测序方法比旧的方法有许多优点(最突出的是大大降低了成本)，但每次对一个新物种的基因组进行测序时，都会出现一个问题，即将大块序列分配到整个基因组“地图”上可能是有问题的和/或非常昂贵的。这有点像在谷歌地图上找到你的位置，但不能“缩小”以确定该位置与整个国家的关系。从本质上讲，这个项目的目的是用现有成本的五分之一来解决这个问题。利用我们对鸟类的研究经验，我们开发了一种高通量的方法和工具，将序列分配到染色体中的适当位置。这涉及到我们自己对一种叫做“FISH”的技术的适应，这种技术可以从测序的基因组中获取数据，并直接可视化DNA序列块，因为它们出现在基因组中正确的位置。
使用荧光探针(FISH)在染色体上可视化猪基因组序列
在这项研究中，我们将重点关注25个新测序的哺乳动物物种。然而，更重要的是，我们将为5000种现存哺乳动物中的任何一种提供实现这一目标的手段。哺乳动物对我们的生活很重要，因为许多哺乳动物是人类疾病和发展的模型，对农业(包括肉类和奶类)至关重要。另一些则受到威胁或濒临灭绝，随着全球变暖的迫近，研究它们的生态和保护的分子工具是必不可少的。我们的共同努力还开发了基于计算机的浏览器方法，以比较一个基因组与另一个基因组的整体结构，一次直接可视化几种动物基因组之间的相似性和差异，我们可以通过万维网在科学界和公众之间广泛分享。哺乳动物基因组之间的差异是通过进化过程中发生的变化而产生的。这个项目的主要目的之一是找出这种情况是如何发生的，以及这些变化的影响是什么。我们有很多想法，比如我们认为可能有不同的“特征”来分类为什么基因块在进化过程中倾向于呆在一起。有了这些信息，我们完全打算把它推向世界。我们将开发的设备可以用于筛选个体动物的基因组重排，这可能会导致例如繁殖问题。 Moreover, the resources we will develop provide a source for public information and student learning through a dedicated, outwardly-facing web site. We have received overwhelming support from numerous laboratories all over the world who are interested in using the resources that we will develop to ask biological questions of their own. For this reason, we feel that this project will help us understand evolution in mammals and contribute to establishing the UK as a central international hub of mammalian genomics.
