下一期科学史与哲学研究第三部分:生物与生物医学科学史与哲学研究目前正在进行中，但即将出版的杂志中的一些文章最近已经提供了在线第一．一篇文章是Alexander R。佛罗伦萨(公共卫生和社区医学，塔夫茨大学)和奥拉夫Dammann公共卫生与社区医学，塔夫茨大学妇科和产科，汉诺威医学院)，是关于Russo-Williamson论文的主题。
标签档案:机制证据
新知识和要衡量的东西
本周，我对我所有的课上出现的与机制证据有关的问题感到震惊，来自不同科学背景的学生如何开始尝试以截然不同的方式理解科学证据。
在我的硕士课程在美国，研究因果关系的学生特别关注健康方面的证据多元性，他们认为，即使来自进行良好的大规模观察性研究或随机对照试验的相关证据也可能在许多方面误导我们，而机制的证据可以用作有用的补充。
我的硕士学生来自医学、生物化学、地质学和社会科学的背景，他们被因果关系的证据是多么复杂、综合的东西所震惊。讨论涵盖了不同科学领域的问题，然后才转向与所有试验相关的问题，即测量什么以及如何测量。
我们从看开始医学研究委员会对链霉素的历史试验以及他们为什么选择在试验期间进行研究病人肺部的x光片并测试治疗组的细菌，看看它们是否在4个月的治疗过程中对链霉素产生了耐药性。除了疾病和治疗的作用机制的背景理论，很难看出如何做出这样的选择。一个学生进一步争辩说，这样的选择总是与上下文相关的，因为当“没有机制的证据”被认为是“没有机制的证据”时，永远不会有一个一刀切的故事——当你已经足够仔细地研究了一个假设的机制，以确定它不存在时。
然后讨论范围扩大到最近对健康的社会决定因素的调查，包括诸如:社会经济地位导致健康不佳，压力导致健康不佳。另一个学生问我们应该如何构思这些问题，并指出我们试图通过研究低层变量(如住房、教育等)如何导致不健康来调查这些说法。这位学生认为，我们经常研究相同或非常相似的低层次变量，以试图理解这些明显不同的社会因素是如何导致不健康的——这很可能是因为我们不知道其机制是什么。这门课提出的想法是，总会有这样的情况，当我们不知道的时候，理解机制的过程将与确定在寻找相关性时测量哪些变量的过程交织在一起。
第二天，有一个3人班理查德·道金斯学习自然科学哲学的一年级学生，来自科学和技术研究、物理学、医学、生物化学、社会科学和哲学。我们讨论了数据科学和策展实践，包括让你评估数据的可视化技术。我被一个统一的梦想所震撼，在这里，在一些医学证据的方法中，数据驱动的科学，客观而无偏见。
这门课考察了莱昂内利对目标材料、技术和学科实践知识的各种体现方式的讨论，例如，拟南芥，对于建立大型交互式、跨学科的数据数据库至关重要拟南芥去工作。
学生们再次注意到，我们的理论理解和实践专业知识在允许我们构建和使用技术以及选择放入数据库的数据点方面是多么重要——包括选择如何用关于数据来源的元数据标记数据，从而允许数据“旅行”，用莱昂内利的术语来说。
所以，在某种意义上，这两门课关注的是完全相同的问题:直到我们有了一些理论上的，可能也是实际的理解——这来自于对医学机制的理解——我们甚至不会收敛于基本的数据点，测量的基本变量，选择放入我们的数据库或我们的研究设计，以便开始数据驱动的科学。
最后感谢我的学生度过了非常有趣的一周!
参考文献
Sabina Leonelli:第22卷，第3期- 2014年秋季-模拟、可视化和科学理解特刊:Henk W. De Regt和Wendy S. Parker，客座编辑
为什么联想只是故事的一半
我想从Jon之前的帖子．这个项目的中心主题是，关联(例如，在药物试验中发现的相关性)只是因果关系的一半。正如Jon所提到的，观察到的相关性可能是非因果关系的原因有很多(比如抽样误差、混淆等)。在这里，我想探讨一个案例，其中非因果相关性被视为接受因果声明的充分理由。
子宫颈癌
子宫颈癌是由人乳头瘤病毒(HPV)感染引起的。德国病毒学家Harald zur Hausen在20世纪80年代初首次提出了这一观点。你可以看一下原文(Durst等人，1983年)，以及有关2008年诺贝尔生理学或医学奖的一半份额他因为这项工作而获奖。当我在20世纪90年代末开始学医时，HPV和宫颈癌之间的因果关系是众所周知的。所以当我开始为我的博士学位研究宫颈癌的历史时(你可以在线阅读如果你对这类事情感兴趣的话)，当你发现HPV并不是唯一与宫颈癌有关的病毒时，你会感到震惊。
在1970年至1985年间，人们普遍认为单纯疱疹病毒(HSV)是子宫颈癌的病因。例如，你可以细读1972年美国癌症协会“疱疹病毒与宫颈癌”会议记录的40篇左右的论文癌症研究，这表明HSV和宫颈癌的研究项目正在蓬勃发展。我将在下面讨论这一点的意义，但现在我想介绍一个在我开始这项研究时首先困扰我的问题:为什么有人认为HSV可能会导致宫颈癌?
HSV和宫颈癌?
HSV可能导致宫颈癌的说法源于某些性行为与患病风险之间的一些观察到的相关性。事实上，宫颈癌一直被认为更像一种传染病，而不是一种典型的癌症。也许这类最有趣的一系列观察是由里戈尼-斯特恩，1842年(Stavola, 1987)，它描述了维罗纳(1760-1839)的一系列病例，表明已婚妇女的宫颈癌发病率比修女高得多。造成这种差异的一个可能的解释是修女实行独身主义。19世纪和20世纪早期的其他研究发现，与性有关的其他行为似乎也能改变患宫颈癌的几率。一般来说，一个人的性生活越多，他们患宫颈癌的风险就越大。因此，结婚、在青春期发生性行为、感染其他性传播疾病(如梅毒)和有大量孩子与该病呈正相关，而禁欲与疾病呈负相关。
到20世纪中期大规模人群宫颈癌筛查引入时，这些性风险因素已经被广泛研究。阿伯丁郡宫颈癌研究项目中的一段话总结了当时的典型思维:
癌症患者的特征是更多的婚姻不幸，离婚和分居，更多的婚前性交和分娩，以及更多的性伴侣。（艾特肯-斯旺和贝尔德，1966:656）
所以宫颈癌可能是性传播疾病的结果。虽然通常的怀疑(梅毒等)似乎不能解释它，但在不同背景下的研究表明，疱疹病毒可能导致多种癌症。这其中的细节相当复杂(可能是另一篇文章的内容)，但结果是(在20世纪中期)疱疹病毒似乎是最有可能导致人类癌症的原因。对当时的研究人员来说，令人高兴的是，这似乎为(性传播的)HSV与宫颈癌之间的相关性提供了一个因果解释(参见，例如，凯斯勒,1976)．
不是什么机制
因此，HSV感染是这些性风险因素的一个有吸引力的解释。但这也是宫颈癌的原因吗?嗯，其他性传播感染与宫颈癌之间缺乏相关性，这表明相关性不仅仅是偶然的，而是由于因果关系(罗尔斯等， 1973: 1482)．其他证据，如血清学、HSV的致突变能力、在宫颈癌细胞中检测到HSV DNA片段，以及疱疹病毒在其他肿瘤中所起的因果作用，似乎都支持这一因果主张。然而，其细节仍然难以捉摸。大部分是1973年的论文癌症研究上面提到的卷试图发现病毒与疾病联系的机制的一些具体证据，但失败了。正如我们所料，这种机制的细节仍然难以捉摸。然而，HSV导致宫颈癌的说法一直持续到20世纪80年代，当其他因果关系的说法(比如涉及HPV的说法)被提出时，这种说法遭到了极大的抵制。综上所述，结合涉及HSV的可能机制的合理性，HSV感染与宫颈癌的相关性意味着HSV与宫颈癌的相关性是不可想象的不导致子宫颈癌。
结论
毫无争议的是，我们不应该相信野蛮相关性，或者将相关性误认为因果关系．但这个案件还引发了其他更微妙的问题，我认为我们应该同样注意这些问题。首先是合理机制和实际机制之间的区别。HSV与宫颈癌之间的关联机制极其合理。但没有发现实际的机制。在这种情况下，好的机制是具体的和局部的:我们应该对那些完全可信的机制极为谨慎。然而，这里的界限是相当模糊的，我未来的研究目标是尝试并掌握看似合理的机制和实际机制之间的差异。
我想提出的第二个问题是关于因果证据的明确。HSV病例就是一个例子，尽管进行了大量的研究，但没有发现具体的证据将HSV和宫颈癌机械地联系起来。然而，从文献中的个别论文来看，这种证据的缺乏并不明显。健康研究人员最近采用了许多策略来更有效地审查相关性证据(如荟萃分析和试验的系统回顾)。我想，对于HSV研究人员来说，明确考虑机制证据的类似策略将是有价值的，作为一种在调查中发现持续缺乏证据的方法。
参考文献
艾特肯-斯旺和贝尔德，1966。”阿伯丁郡子宫癌。病原学的方面。”英国癌症杂志，20.(4): 642 - 59。
Dürst, M, Gissmann, L, Ikenberg, H，和zur Hausen, H. 1983。来自宫颈癌的乳头瘤病毒DNA及其在来自不同地理区域的癌症活检样本中的患病率．PNAS80(12): 3812 - 3815。
凯斯勒,二世。1976.人类子宫颈癌是一种性病．癌症研究．36: 783 - 91。
罗尔斯，我们，亚当，E，梅尔尼克，JL。1973.”2型疱疹病毒与宫颈癌血清流行病学研究分析”癌症研究，33(6): 1477 - 82。
斯塔沃拉，BD, 1987年。”开云体育网址1842年9月23日，里戈尼-斯特恩博士在意大利科学家第四届大会外科医生分组上发表的《关于癌症的统计事实》。(翻译)。”医学统计学，6(8): 881 - 4。