作为意大利博科尼大学统计系列研讨会的一部分，Eleni介绍了她最近在eDNA数据建模方面的一些工作。开云体育主頁(欢迎您)
这项工作是与伦敦大学学院的吉姆·格里芬教授和肯特大学德雷尔保护与生态研究所的同事们合作完成的。开云体育主頁(欢迎您)开云体育app客服
每月档案:2019年5月
新论文-苏格兰蛾类数量和占用的量化趋势和指标
拜伦·摩根和艾米丽·丹尼斯在《昆虫保护杂志》上发表了一篇论文。
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苏格兰蛾类数量和占用率的量化趋势和指标
E. B.丹尼斯，T. M.布里列顿，B. J. T.摩根，R.福克斯，C. R.肖塔尔，T.普雷斯科特，S.福斯特
飞蛾是苏格兰生物多样性的重要组成部分，考虑到它们作为一个多样性和物种丰富的分类单元的价值，具有各种生态系统的作用，以及已知的英国飞蛾数量的下降，需要对它们的地位进行最新评估。我们使用长期的公民科学数据来产生苏格兰飞蛾的物种水平趋势和多物种指标，以评估种群(丰度)和分布(占用率)的变化。苏格兰飞蛾的数量趋势是使用洛桑昆虫调查的计数数据产生的，并且，第一次使用占用模型来估计苏格兰飞蛾的占用趋势，使用来自国家飞蛾记录计划的机会记录。物种水平的趋势结合起来产生丰度和占用指标。使用参数自举方法估计相关的不确定性，并与其他已发表的方法进行比较。1975-2014年，苏格兰蛾类的总体数量(基于176种)下降了20%，1990-2014年下降了46%。占用指标(基于230个物种)显示1990-2014年增长了16%。其他方法产生了类似的指标和结论，表明结果的稳健性，尽管稀有物种可能在我们的分析中代表性不足。物种丰度与占比趋势相关性不明显;在种群数量呈负趋势的特定物种中，其占用率表现出不同的响应。 Further research into the drivers of moth population changes is required, but increasing occupancy is likely to be driven by a warming summer climate facilitating range expansion, whereas population declines may be driven by reductions in habitat quality, changes in land management practices and warmer, wetter winters.
新论文-综合人口模型的精确推断
Takis Besbeas和Byron Morgan最近在《生物计量学》上发表了一篇论文，开发了一种用于集成建模的精确推断的方法。
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综合人口模型的精确推断
综合种群模型在统计生态学中得到广泛应用。开云体育网址它允许同时分析来自人口时间序列和独立调查的数据。在经典分析中，时间序列似然分量可以方便地用卡尔曼滤波方法逼近。然而，对具有离散状态空间的系统建模的自然方法是使用隐马尔可夫模型(hmm)。该方法避免了卡尔曼滤波逼近和蒙特卡罗模拟。受制于可能的数值灵敏度分析，它是准确的，灵活的，并允许使用经典推理的标准技术。我们将该方法应用于小猫头鹰的数据，其中模型显示需要一个一维状态空间，而北鸡翅则需要一个二维状态空间。在前一个例子中，该方法确定了一个参数冗余，它改变了在综合人口模型中估计移民所需的数据的感知。后一个例子可以使用一阶或二阶hmm进行分析，分别描述一岁婴儿和成年婴儿的数量，或仅描述成年婴儿的数量。一阶链的使用被发现更有效，主要是因为在这个应用中一岁儿童的数量比成人少。 For the lapwing modelling it is necessary to group the states in order to reduce the large dimension of the state space. Results check with Bayesian and Kalman filter analyses, and avenues for future research are identified
新论文-多物种丰度和占用数据集的功能数据分析
Emily Dennis(蝴蝶保护)和Byron Morgan (SE@K)最近在《生态指标》上发表了一篇论文，利用功能数据分析工具探索了多物种丰度和占用指数。
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多物种丰度和占用数据集的功能数据分析
艾米丽·b·丹尼斯，拜伦·j·t·摩根，理查德·福克斯，大卫·b·罗伊和汤姆·m·布里瑞顿
多物种指标被广泛使用，通过形成单一指数来浓缩关于多个独立物种的大量复杂信息，为研究、政策和管理提供信息。在构造这样的索引时，通常会丢失很多细节。在这里，我们研究了功能数据分析的潜力，重点关注功能主成分分析(FPCA)，它可以很容易地使用标准R程序进行，作为显示底层信息特征的工具。插图使用的数据来自英国蝴蝶新千年和英国蝴蝶监测计划的数据库。进行的fpca在维数减少方面大大简化，允许物种占用率和丰度分别减少到二维和三维。我们表明，在占用率和丰度分析中都出现了一个功能主成分，它区分了随时间增加或减少的物种，并且与百分比趋势不同，百分比趋势是对复杂时间变化的简化。我们发现了物种占用率和丰度模式的差异，为在多物种指标中常规结合这两种类型的指数提供了警告，例如在丰度数据不足的情况下使用占用率作为丰度的代理。通过识别物种之间的差异，显示功能主成分得分的数字比通常伴随多物种指标的重要趋势百分比的简单条形图信息量大得多。根据FPCA的结果，我们对多物种指标的伴随可视化提出建议，并讨论这些指标如何可能是特定于上下文和受众的。我们表明，在没有FPCA的情况下，使用平均物种占用率和总丰度可以提供额外的、可获取的信息，以补充物种水平的趋势。 At the simplest level, we suggest using jitter plots to display variation in species-level trends. We encourage further application to other taxa, and recommend the routine augmentation of multi-species indicators in the future with additional statistical procedures and figures, to serve as an aid to improve communication and understanding of biodiversity metrics, as well as reveal potentially hidden patterns of behaviour and guide additional directions for investigation.