会议/会议/研讨会

“eDNA:挑战与机遇”;2020年5月7日RSS会议

环境DNA (eDNA)是一种越来越流行的监测物种分布的调查工具。eDNA调查已用于不同景观中的各种物种,越来越多的证据表明,与依赖于直接观察目标物种的现有方法相比,eDNA调查的观测误差更低。

从使用定量聚合酶链式反应(qPCR)检测单个物种,到使用元条形码研究整个群落,eDNA在帮助我们了解物种分布和群落组成方面显示出巨大的前景。

然而,我们还没有完全理解eDNA的特性,因此才刚刚开始认识到eDNA调查带来的机遇,或者我们需要克服的挑战,在实地、在实验室或将eDNA调查落实到政策中。

本次会议汇集了在eDNA数据分析新统计方法开发、评估不同物种和景观的eDNA调查使用或将eDNA技术嵌入国家或国际政策方面处于领先地位的研究人员。开云体育网址

主讲人及讲座

  • -11 - 10.15克里沃什《挑战与机遇:监管者的视角》
  • 11- 11:30休息和茶点
  • 11.30 - -12.15拿俄米埃瓦尔德淡水栖息地信托基金会:“分析eDNA数据以告知保护优先事项:长期物种监测和短期前后调查的案例研究。”
  • -13 - 12.15弗朗西斯科·Ficetola米兰开云体育主頁(欢迎您)大学:“环境DNA追踪山区生态系统的长期变化。”
  • 13 - 14日午餐
  • 14 - 14.45吉姆·格里芬伦敦开云体育主頁(欢迎您)大学学院:“环境DNA数据建模;考虑假阳性和假阴性错误的贝叶斯变量选择。”
  • 14.45 - -15.30
  • 道格于东安开云体育主頁(欢迎您)格利亚大学:“用eDNA数据管理野生动物:鲑鱼、水蛭、昆虫和森林。”
  • 15.30 - -16.00讨论

这次会议由英国皇家统计学会(RSS)的环境统计组和新兴应用组组织,将于开云体育网址2020年5月7日地址:12 Errol St, London EC1Y 8LX)。

遵循这个链接报名参加活动。

如果您有任何问题,请发邮件至e.matechou@kent.ac.uk。开云体育app客服

标准
奖助金

nerc资助的“将新的统计框架整合到景观尺度的eDNA调查和分析”项目开云体育网址

由NERC资助的项目,由Eleni Matechou博士领导,与兰开斯特大学的Alex Bush博士,伦敦大学学院统计科学的Jim Grif开云体育主頁(欢迎您)fin教授,肯特大学Durrell保护与生态研究所的Richard Griffiths教授和东安开云体育网址格利亚大学Doug Yu教授作为共同研究员,是NERC景观决策战略优先基金的一部分:面向土地资产使用计划的新框架。开云体育app客服

该项目的RA有效期至2022年1月31日,将致力于实现该项目的四个模型开发目标和两个实施和知识交流目标。

模型开发(MD)目标:
MD1解释基于dna的数据中的抽样和分析误差和分类不确定性
单物种(条形码)和多物种(元条形码)DNA数据集具有比数据更复杂的特性
使用传统技术收集,使用视觉、听觉或物理观察。例如,eDNA调查容易
采样和分析阶段的假阳性和假阴性误差以及分类错配。我们
将开发新的统计模型,解释eDNA数开云体育网址据的概率性质,可靠地量化所有水平的
eDNA调查的不确定性。

MD2确定对特定地点物种组成和元群落结构的重要景观预测因子
物种存在概率、物种相互作用和元群落结构受到景观的影响
特征。解释这些影响对于了解系统以及如何维护系统是必要的
或者改进它。不考虑重要的影响会导致不准确的推断和有偏见的结果。然而,
这些影响的强度和方向通常是未知的,我们将开发一个新的贝叶斯建模框架
以及在物种和元群落水平上有效推断景观效应的复杂算法
埃德娜的数据。

进行模拟,以确定不同情况下基于dna的调查的最佳研究设计
使用eDNA数据正确推断元群落结构和景观效应的能力
取决于取样的位点数量,从每个位点收集的样本数量,PCR重复次数
对每个样本以及景观特征进行了分析。我们将进行大量的模拟来识别
优化的研究设计在不同的场景和错误水平下,为从业者提供如何知情的指导方针
设计eDNA调查。

MD4确定调查数据中的错误或次优研究设计对保护优先级选择的影响(例如;
高价值生境或恢复优先次序)

现有的一些保护规划软件旨在推断最有效的资源分配。我们的贝叶斯
MD1-2定义的模型和MD3的功率分析为物种的预测提供了有价值的工具
存在和元社区结构,与相应的不确定性措施,在整个景观。使用
在我们的英国池塘案例研究系统中,通过拟合模型产生的预测,我们将获得并比较不同的
规划软件提供的解决方案经常用于决策过程,并评估如何和是否
当推理中的不确定性被明确地解释时,决策就被告知了。

实施和知识交流(IKE)的目标:

开发R-Shiny应用来实现MD1-4,使用户可以访问它们
新的eDNA数据开云体育网址统计框架(MD1-4)将实现到R-Shiny应用程序中,并伴随着
数据分析的例子和相应的解释,使从业者有有限的了解统计
并且在分析eDNA数据时没有编程知识。

IKE2通过培训研讨会和项目合作伙伴向用户传播项目成果和软件
在MD1-4和IKE1结束后,我们将在项目的最后一个季度组织两次培训研讨会
完成向研究用户传播新方法。这些活动将补充目前正在进行的、已全部订阅的活动
研究团队一直在为eDNA和统计学一般领域的从业者举办培训研讨会开云体育网址
造型。

关于该项目的更详细的描述可以在这里找到在这里

标准
未分类的

新论文:评估多状态捕获-再捕获数据中过渡倾向的异质性

瑞秋出版了新论文发表在《皇家统计学会杂志》上,与前SE@K博士生Anit开云体育网址a Jeyam和来自法国蒙彼利埃国家科学研究中心CEFE的联合导师Roger Pradel一起。

这篇论文是开放获取的,所以你可以下载全文的pdf。这项工作提出了一种新的测试方法,允许您在对数据拟合任何模型之前,测试从捕获-再捕获数据转换概率的异质性。

评估多状态捕获-再捕获数据中过渡倾向的异质性

多状态捕获-再捕获模型是帮助理解离散捕获-再捕获数据中的运动动态的有用工具。然而,标准的多状态捕获-再捕获模型依赖于种群内关于生存、捕获和转移概率的同质性假设。有很多方法可以推广这个模型,因此对于真正需要什么提供一些指导是非常可取的。本文通过对加拿大鹅数据集的模拟和应用,导出了一种新的检验方法,可以检测过渡倾向的异质性,并证明了其良好的有效性。我们还证明,传统上用于诊断内存的现有测试实际上对其他形式的转换异构很敏感,我们提出了改进的测试,可以区分内存和其他形式的转换异构。

标准