欢迎新来的博士生Milly Jones，她由Diana Cole和Eleni Matechou指导。
她正在处理由马达加斯加动植物组(MFG)，调查马达加斯加的生物多样性。她将为收集到的距离数据开发多物种时间模型。
图片显示米莉在董事会解释她的博士项目SE@K小组在我们周四的午餐时间会议。
作者档案:djc24
rGAI:将广义丰度指数拟合到季节计数数据的R包
艾米丽·丹尼斯、卡莉斯特·法加德-詹金和拜伦·摩根创建了一个R包，用于将广义丰度指数与季节计数数据拟合。这项工作已发表在《生态学与进化》的论文《rGAI:一个R包，用于将广义丰度指数拟合到季节计数数据》中。
该论文可在以下网址找到:https://onlinelibrary.wiley.com/doi/full/10.1002/ece3.9200
开云体育网址统计生态学会议
SE@K组的成员于6月27日至7月1日参加了ISEC。一些人亲自前往南非参加，另一些人则通过网络参加。
Eleni, Alex和Ioannis就环境DNA数据建模进行了半天的研讨会。
Eleni介绍了异构临时捕获再捕获模型的工作。
Alex做了一个关于元条形码数据统一建模框架的演讲。
Rachel谈到了综合人口模型的模型选择:选择多种数据类型的年龄结构。
詹姆斯的演讲是关于在英国蝴蝶数量估计的生产中对不同空间尺度的解释。
Diana谈到了生态模型中的贝叶斯可识别性。
费伊介绍了评估重新引入成功同时考虑多物种种群的工作。
Bryon谈到了使用隐马尔可夫模型将动态占用模型拟合到非常大的事件数据集。
新论文:生态时间序列的状态空间建模指南
戴安娜是《生态时间序列状态空间建模指南》这篇论文的合著者，该论文发表在《生态学专著》上。
https://esajournals.onlinelibrary.wiley.com/doi/full/10.1002/ecm.1470
文摘:状态空间模型(SSMs)是分析生态时间序列的重要建模框架。这些分层模型通常用于模拟种群动态、动物运动和捕获-再捕获数据，现在越来越多地用于模拟其他生态过程。ssm很受欢迎，因为它们很灵活，而且它们将生态过程的自然变化与观测误差分开建模。它们的灵活性允许生态学家模拟连续、计数、二进制和分类数据，这些数据具有在离散或连续时间中演化的线性或非线性过程。对两个随机来源分别建模可以让研究人员区分生物变异和采样方法的不精确性，并且通常比只对一个随机来源直接建模更好地估计感兴趣的生态量。自ssm引入以来，广泛的拟合程序已经被提出。然而，这些程序的多样性和复杂性限制了生态学家制定和拟合他们自己的ssm的能力。我们为生态学家提供知识，以创建对常见且通常隐藏的估计问题稳健的ssm，以及模型选择和验证工具，可以帮助他们评估模型与数据的拟合程度。我们对SSM进行了综述，为有兴趣学习SSM的生态学家提供了坚实的基础，为SSM的老用户介绍了新工具，并为对生态应用感兴趣的统计学家强调了有前途的研究方向。本文还附有一个深入的教程，该教程演示了如何在r中拟合和验证ssm，本文和教程一起介绍了ssm，这将帮助生态学家制定、拟合和验证他们的模型。
新论文:Jolly‐Seber标签损失模型中的参数冗余
Diana与Wei Cai、Stephanie Yurchak和Laura Cowen共同发表了这篇论文:
Jolly‐Seber标签损失模型中的参数冗余
生态学与进化
文摘:
1.进行捕获-再捕获实验以估计种群参数，如种群大小、存活率和捕获率。通常情况下，个体被捕获并被给予唯一的标签，然后在假设这些标签没有丢失的情况下，在几个时间段内重新捕获。然而，对于某些种群，标签损失不能被忽略。当无标签损失假设无效时，使用Jolly‐Seber标签损失模型。此外，该模型已被扩展到包含组异质性，这允许参数随组成员而变化。许多标记-再捕获模型变得过度参数化，导致无法独立估计参数。这就是所谓的参数冗余。
2.我们使用符号方法研究参数冗余。由于一些标签损失模型的复杂结构，这些方法往往不能直接应用。相反，我们开发了一个简单的参数组合，可用于研究标签丢失模型中的参数冗余。
3.将标签丢失和组异质性纳入Jolly - Seber模型不会导致进一步的参数冗余。此外，采用混合方法，通过案例研究数据引起的参数冗余，生成不同参数值的标签历史。
4.较小的捕获率和存活率导致这些模型的参数冗余。当这些问题应用于大量人口时，问题就解决了。
Emily和Byron的新论文:在两个时间尺度上昆虫种群动态的综合建模
Emily和Byron，以及Marc Kery, Armin Coray, Michael Schaub和Bruno Baur发表了这篇论文:
生态模型。
文摘:
具有出生脉冲生命周期的物种的种群大小在季节内和季节之间都是不同的，但大多数种群动力学模型都假设一个季节内的单个数量可以充分表征一个种群。然而，当建模季节间的动态时，季节内动态有时可能太过重要而不可忽视。典型的例子是昆虫种群或迁徙动物。目前存在许多只考虑季节间动态的模型，但很少有在两个时间尺度上同时考虑季节间动态的模型。
在一种新的方法中，我们显著扩展了Dennis等人(2016b)的模型:通过最大化未标记个体的种群计数和来自标记个体的研究的捕获-再捕获数据的联合可能性，我们展示了如何对它们进行代时间年的调整，并为多种数据类型拟合一个集成的种群模型。我们用濒危的不会飞甲虫的年度监测数据来说明这种方法Iberodorcadion fuliginator1998-2016年莱茵河上游的18个种群，其生命周期为2年。使用标准似然方法进行模型拟合和比较，集中(剖面)似然方法提供了计算效率。
来自捕获-再捕获数据的额外信息使种群模型更加健壮，重要的是，它能够估计真实的丰度，而不是相对的丰度。动态停留模型提供了一个季节内的生存和物候参数的估计，也提供了季节之间的生产力。为即fuliginator，我们展示了自1998年以来的人口下降，以及这与受温度影响的生产力之间的联系。近年来的平均出现日期也有所延迟。
一个主要的兴趣点是对两个时间尺度的关注，这两个时间尺度可能是大多数动物种群的变化:在短期内，一个种群很少在一个季节内真正关闭，而在长期(季节之间)它从来没有。因此，我们的模型可以作为许多物种种群动态的一般描述的模板。这包括数据集有限的稀有物种，它们普遍缺乏种群动态模型，但保护行动可能极大地受益于这种模型。
博士项目:蝴蝶和飞蛾的公民科学数据建模:它们在何时何地飞行?
Eleni Matechou, Emily Dennis, Richard Fox, Byron Morgan和Diana Cole提供了统计学博士项目:蝴蝶和飞蛾的公民科学数据建模:它们在何时何地飞行?
在生物多样性丧失之际，包括广泛报道的昆虫数量减少，公民科学数据在衡量物种种群和分布的变化以及寻求了解影响这种变化的压力方面发挥着至关重要的作用。蝴蝶和飞蛾对栖息地和气候变化反应迅速，因此是有价值的生物多样性指标。在英国，通过两个大型的公民科学记录计划收集了数百万个鳞翅目物种的发生记录，其中的全部潜力尚未完全实现。
分析这种性质的记录数据提出了独特的挑战，因为它们的数量巨大，但也存在相关的抽样偏差。利用前沿建模，该项目将最大限度地利用这些有价值的数据集，增强我们对物种物候(飞行周期)、分布和范围动态的理解，以帮助为英国蝴蝶和飞蛾未来的保护提供和政策提供信息。
候选人将负责开发应用于公民科学数据的新的统计模型。开云体育网址研究内容包括:
- 严格评估抽样设计，以确定需要多少数据才能可靠地估计物种的发生趋势——占用模型是否适用于小范围的稀有物种?
- 根据公民科学数据对物种物候进行建模，以提供关于空间和时间变化的新见解。
- 应用最先进的变量选择技术，通过合适的空间和环境协变量更好地描述物种范围和分布变化的驱动因素。
该项目已入围白羊座基金。详情请浏览:
新论文:利用间歇数据估计和平滑多物种生物多样性指标的通用方法
这篇论文,利用间歇数据估计和平滑多物种生物多样性指标的通用方法，由斯蒂芬·弗里曼，尼古拉斯·艾萨克，帕纳约蒂斯·贝斯比亚斯，艾米丽·丹尼斯和拜伦·摩根所著，刚刚在《农业、生物和环境统计杂志
https://doi.org/10.1007/s13253-020-00410-6
摘要
生物多样性指标概括了广泛而复杂的生态数据集，在影响政府政策方面很重要。成分数据由许多不同物种的时变指数组成。然而，目前的生物多样性指标存在多个统计缺陷。开云体育网址我们描述了新的多物种生物多样性指标的状态空间公式，基于贡献个体物种的丰度或占据概率的变化率。配方灵活，适用于不同类群。它有几个优点，包括能够适应数据的零星不可用性，在适当的时候将单个物种指数的估计精度的变化纳入，并允许随着时间的推移直接纳入平滑。此外，模型拟合在贝叶斯和经典实现中是直接的，后者采用高效的隐马尔可夫建模或卡尔曼滤波器。同样的算法可以方便地应用于基于丰度或占用数据的案例——只是后续的解释有所不同。该过程消除了可能令人望而却步的自举的需要。我们建议在对类群进行全部或部分采样时使用两种备选方案中的哪一种。 The performance of the new approach is demonstrated on simulated data, and through application to three diverse national UK data sets on butterflies, bats and dragonflies. We see that uncritical incorporation of index standard errors should be avoided.
SE@K在vISEC
来自肯特开云体育网址郡的统计生态小组(SE@K)参加首届虚拟国际统计生态会议(开云体育app客服vISEC) 6月22日至26日。
Fabian, Katie Oscar和James发表了演讲。Fabian谈到了来自n -混合模型评分规则的目标先验。凯蒂做了一个关于标记-再捕获模型为毛里求斯的保护管理提供信息．Oscar谈到了评估入侵物种的时空分布。詹姆斯发表了“使用公民科学统计数据模拟蝴蝶寿命”的演讲。
戴安娜、埃莱妮和乌尔里克进行了快速谈话。戴安娜谈到参数冗余模型推理:重新参数化，约束，稳健设计和集成模型．Eleni谈到生态模型中的有效贝叶斯变量选择．Ulrike的演讲是关于在Telfair石龙子的捕获再捕获研究中对错误分类的性观察进行调整。
克洛伊展示了海报开云体育网址人象冲突时空模式的统计建模．
瑞秋是科学委员会的联合主席。
新论文:雌性父母照顾的时间和它们在小海雀Alle Alle中的生存-这两个特征有联系吗?
摘要:雌性父母照顾的时间和它们在小海雀中的生存阿莱阿莱-这两个特征有联系吗?作者:Katarzyna Wojczulanis-Jakubas, Marina Jiménez-Muñoz, Dariusz Jakubas, Dorota Kidawa, Nina Karnovsky, Diana Cole和Eleni Matechou，已在《行为生态学和社会生物学》上发表。
文摘:
在许多采用双亲照料的鸟类中，观察到父母中的一方在后代独立前抛弃它，但这种策略的原因尚不完全清楚。这种行为在双亲照顾对成功抚养后代至关重要的物种中尤其有趣。在这里，我们专注于小海雀，阿莱阿莱这是一种小型海鸟，由双亲精心照料，雌鸟在幼鸟抚养期结束时抛弃雏鸟。小海雀的例子很有趣，因为大多数解释雌性遗弃幼崽的假设(例如“再交配假说”，“身体状况假说”)都被否定了。在这里，我们分析了雌性父母对雏鸟的照顾时间与她生存到下一个繁殖季节的机会之间的可能关系。我们在斯匹次卑尔根岛上两个觅食条件不同的繁殖殖民地进行了研究——霍恩松德更有利，而Magdalenefjorden则不太有利。我们预测，在Hornsund，与来自Magdalenefjorden的鸟类相比，雌性与幼崽呆在一起的时间更短，存活率更高。我们发现，在Magdalenefjorden条件较差的地方，雌鸟和幼鸟呆在一起的时间确实比在Hornsund条件较好的地方长。此外，雌性的存活率受到在巢中停留时间的负面影响。然而，雌性父母对雏鸡的照顾时间与它们的父母努力无关，在雏鸡养育期的早期，雄性和雌性的存活率相似。因此，尽管雌虫的出走和冬季生存是有联系的，但这种关系并不是直接的。